وكالة أنباء الحوزة ـ أن تتناول تاريخ تشييد مرقد الإمام الحسين، عليه السلام، يعني أن تدخل في حقب زمنية تعود إلى أربعة عشر قرناً مضت. يقول المؤرخون "إن بناءه بدأ منذ دفن الأجساد الطاهرة بعد واقعة الطف".
وكان أول من وعد بصرح للحسين، عليه السلام، اخته زينب، التي رافقته رحلته الأخيرة إلى كربلاء. تقول عليها السلام وهي تواسي ولد الحسين وبقيته، زين العابدين، رابع الأئمة المعصومين، عليهم السلام، بعد أن ابيد جميع أهله، "أنَّهم يجمعون هذه الأعضاء المُتَفَرّقَةَ فيُوارونَها وهذه الجُسومَ المُضَرَّجة، وينصبون لهذا الطّفّ عَلَماً لِقَبر أبيك سيّد الشُّهداء لا يدرس أثره ولا يعفو رَسمُه على كرورِ اللّيالي والأيّام، وليجتهدنَّ أئمّة الكفر وأشياع الضّلالة في مَحْوِه وتطمِيسه فلا يزداد أثره إلاّ ظهوراً وأمره الاّ عُلوّاً".
وبحسب موقع العتبة الحسينية، إلى جانب هذا النبوءة، تأتي أيضاً شرعية بناء المساجد والقباب على الضريح المقدس للإمام الحسين عليه السلام، من قوله تعالى: { قَالَ الَّذِينَ غَلَبُوا عَلَى‏ أَمْرِهِمْ لَنَتَّخِذَنَ  عَلَيْهِم مَّسْجِداً} - (الكهف:21).
وسبق بناء القبر، كان من نصيب قبيلة "بنو أسد"، من أقدم القبائل العربية، إذ شاركوا الإمام زين العابدين عليه السلام، مواراة الأجساد الطاهرة، وفقاً لمؤرخين.
يأتي هذا بناءً على وجود القبر "ظاهراً" في قصة ثورة التوابين، الذين دفعتهم مرارة الألم إلى الانتقام من قتلة الحسين. تشير القصة إلى زيارتهم للقبر الشريف وهو ما يؤكد وجود بناء على القبر.
الحديث عن العمارة الأولى يقودنا إلى فترة حكم المختار بن أبي عبيدة الثقفي للكوفة، عام 65 للهجرة، التي طالب عبرها بالثأر من قتلة الإمام الحسين، عليه السلام، وإجراء محاكمة لهم، ومن ثم بنى مرقد الإمام الحسين، عليه السلام، في كربلاء، وكان أول من شيد له قبة من الآجر والجص.
وبحسب المؤرخين، فإنه كانت على القبر سقيفة وبنى حوله مسجداً، وكان له بابان أحدهما نحو الجنوب والأخر باتجاه الشرق.
يقول المؤرخون "ويُؤيِّد ذلك القول الوارد عن الأمام الصادق (عليه السلام) في كيفية زيارة قبر الحسين (عليه السلام) ، فقد قال : ( إذا أتيت الباب الذي يلي الشرق ، فقف على الباب ، وقل : ... ) ، وقال كذلك : ( ثمَّ تخرج من السقيفة وتقف بإزاء قبور الشهداء ) . وما زال هذا المسير قائماً حتى الآن ، فالجهة المحاذية لقبور الشهداء حتى الشرق ، ومرقد الشهداء يقع في شرقي مرقد الإمام وابنه علي الأكبر (عليهما السلام)".
وطيلة فترة الدولة الأموية  حتى سقوطها بقيت تلك السقيفة والمسجد، لكنها تعرضت للهدم في زمن الدولة العباسية، وتحديداً في حكم هارون الرشيد، أحد أشد حكام بني العباس عداءً لأهل البيت، عليهم السلام، فقد أرسل مجموعة من جلاوزته لهدم المسجد وطمسوا معالم القبر وأمر مسلحيه بمنع الناس من زيارته.